import datetime
from io import StringIO
import pandas
datafile = StringIO("""\
jday,value
2013-01,1
2013-02,2
2013-100,8
2013-200,9
""")
dateparser = lambda x: datetime.datetime.strptime(x, '%Y-%j')
df = pandas.read_csv(datafile, parse_dates=True, date_parser=dateparser, index_col=[0])
print(df)